За организацию государственной обороны в Эстонской Республике отвечают министр обороны и Министерство обороны.

В более широком плане в задачи министерства входят также внесение предложений по планированию политики в области государственной обороны, реализация запланированного и организация государственной обороны, в том числе:

• разработка общей программы государственной обороны;
• организация международного сотрудничества;
• подготовка и организация проведения мобилизации;
• организация учета и обучения резерва Сил обороны;
• финансирование деятельности и оснащение Сил обороны и Кайтселийта;
• развитие военной промышленности;
• контроль над деятельностью Сил обороны и Кайтселийта;
• составление проектов соответствующих правовых актов.

В сферу ответственности министерства входят Силы обороны, Департамент оборонных ресурсов, занимающийся вербовкой добровольцев на контрактную службу и призывом призывников на срочную службу, Департамент информации, учебные заведения Сил обороны, а также музей военной истории им. генерала Лайдонера1 и Оздоровительный центр Сели, предлагающий услуги военнослужащим Сил обороны.

В компетенцию министра входит проведение надзора за работой всех подчиненных учреждений с точки зрения как закона, так и целесообразности.

Структура министерства разделена на сферы ответственности четырех вице-канцлеров. Образно можно сказать, что отделы, подчиняющиеся вице-канцлеру по оборонной политике, разрабатывают видение будущего обороны государства, сфера ответственности вице-канцлера оборонного планирования, так сказать, переводит его на язык потенциала и бюджета. Подчиняющиеся вице-канцлеру отделы оборонных инвестиций обеспечивают конкретную способность, а сфера вице-канцлера по правовым и административным вопросам обеспечивает поддержку всем процессам в работе министерства.

Министерство согласует свою деятельность с Силами обороны и всеми сопричастными подчиненными учреждениями на всех стадиях процесса принятия решений.