Министерство обороны выполняет заказы вооруженных сил в различных сферах – поставках военной техники, строительстве и ремонте инфраструктуры, организации управления недвижимостью, координировании деятельности по охране окружающей среды, оперирование коммуникационной сетью вооруженных сил и развитие сотрудничества с НАТО и Европейским союзом.

Одной из крупнейших сфер деятельности Министерства обороны являются военные строительные объекты. Для Министерства обороны важно, чтобы в распоряжении каждого военного и срочного служащего были соответствующие всем требованиям казармы и учебные здания с медпунктом, домом отдыха для служащих и спортзалами в хорошем состоянии, а также с тренировочными полигонами, соответствующими учебным требованиям. Один военнослужащий для всего этого нуждается в 33 объектах с различными наименованиями. И ни один центр обучения не является совершенным, если там нет такого важного для солдата места как тренировочный полигон.

Отдельной сферой деятельности является осуществление инвестиций, финансируемых НАТО. Важно сформировать позиции Эстонии относительно общефинансируемых объектов в НАТО более обширно. Первым более крупным объектом в Эстонии является реконструкция аэродрома Ямари.

Министерство обороны получило более 4000 строений от российской армии, 50 % которых на настоящий момент отчуждены, отданы или снесены.